Das Johann-Adam-Möhler-Institut wurde schon vor dem Konzil am 19. Januar 1957 vom damaligen Paderborner Erzbischof und späteren Kardinal Lorenz Jaeger als „Institut für Konfessions- und Diasporakunde“ gegründet. Es trägt den Namen des katholischen Theologen Johann-Adam Möhler (1796-1838), der in Tübingen und später in Minden die wissenschaftliche Erforschung der Lehrunterschiede zwischen den Konfessionen begründet hat. Auftrag des Institutes ist es, das ökumenische Anliegen der sichtbaren Einheit der Kirche zu fördern.
Seine Anfänge fielen in eine Zeit, in der Ökumene noch kein Allgemeingut in der katholischen Kirche war. Für den Durchbruch des ökumenischen Gedankens auf dem Konzil lieferte es wertvolle Impulse. Rasch entwickelte es sich zu einer gefragten und kompetenten Institution für den Bereich der katholischen Ökumene.
Das Johann-Adam-Möhler-Institut ist an die Theologische Fakultät Paderborn angegliedert. Es gibt die Zeitschrift „Catholica“, Vierteljahresschrift für ökumenische Theologie, heraus und unterhält eine umfangreiche Fachbibliothek ökumenischer Literatur. Die am Institut geleisteten Forschungsarbeiten werden unterstützt durch einen Beirat, der aus 30 in- und ausländischen Theologen besteht.