Nur 40 Jahre nach der Gründung widerfuhr dem noch jungen Kloster das erste Unglück. Ein Brand zerstörte die Kirche, allein Teile des romanischen Turms blieben übrig. Risse: „Es hat fast 150 Jahre gedauert, bis die gesamte Kirche, diesmal im gotischen Stil, wieder aufgebaut wurde, so wie sie sich heute darstellt. Bemerkenswert ist, dass man damals zwei Kirchen daraus gemacht hatte, die eigentliche Klosterkirche und eine Bürgerkirche. Sie waren getrennt durch eine zwei Meter dicke Mauer, die dann 1700 durch ein Eisengitter ersetzt wurde. Erst nach der Säkularisation wurde die Kirche zu einer, weil der preußische Staat den Arnsberger Bürgern die komplette Kirche geschenkt hat.“
Nur dem Papst unterstellt und mit den Menschen eng verbunden
Dass Heinrich I. die Prämonstratenser in sein Hauskloster holte, hing eng mit seinem eigentlichen Ziel, der Stärkung seiner Macht, zusammen. Der Orden nämlich war unabhängig vom Erzbischof, sodass neben Heinrich niemand sonst Einfluss auf die Niederlassungen auf seinem Besitz nehmen konnte. Zum anderen erbat er sich die Chorherren aus dem niederländischen Marienweerd, das 1129 von seinen väterlichen Vorfahren, den Edelherren von Cuijck, gestiftet worden war, statt aus dem benachbarten Cappenberg. So war Wedinghausen das einzige von Cappenberg unabhängige Prämonstratenserkloster in ganz Westfalen. Und es war das einzige, das nicht nur Adelige, sondern auch Bürger- und Bauernsöhne aufnahm. Zudem übte es die Paternität über die nah gelegenen und mit Frauen besetzten Prämonstratenserinnenklöster Rumbeck und Oelinghausen aus und damit über eine deutschlandweit einmalige Konzentration von Klöstern dieser Art.
Im Laufe der Zeit mehrten Schenkungen und Erbschaften den Reichtum des Klosters Wedinghausen. Es besaß große Ländereien, die verpachtet wurden. Im Kloster selbst waren Bürger beschäftigt. Die enge Beziehung zu der Bevölkerung rührte aber auch daher, dass die Prämonstratenser den Pfarrdienst übernahmen. Risse: „Sie beteten und arbeiteten nicht nur, sondern ihnen oblag auch die Seelsorge, was nicht immer einfach war. Beispielsweise erzählt die St. Georg-Kapelle mit dem Arnsberger Glockenturm als Wahrzeichen in der Altstadt von Streitigkeiten. Man wollte den Pastor von Hüsten, der Urpfarrei, aber von Köln wurde bestimmt, dass die Prämonstratenser das Pfarrrecht haben.“