Michael Menke-Peitzmeyer wurde 1964 in Anröchte geboren. 1990 empfing er in Rom die Priesterweihe. Von 1991 bis 1994 war er Vikar in St. Johannes Baptist in Beverungen, wurde anschließend zum Promotionsstudium freigestellt und wirkte bis 1997 als Aushilfe in der Gemeinde St. Johannes Baptist in Rheda-Wiedenbrück. Von 1997 bis 1999 engagierte er sich unterstützend in der Gemeindeseelsorge in St. Konrad in Gütersloh-Spexard. Anschließend übernahm er die Aufgabe des Pfarradministrators in St. Marien in Neuenbeken. Von 1999 bis 2002 war er zusätzlich Pfarrvikar der Gemeinde St. Alexius in Paderborn-Benhausen.
Im Jahr 2000 erwarb Michael Menke-Peitzmeyer an der Theologischen Fakultät der Westfälischen Wilhelms-Universität Münster im Fach Dogmatik den Doktorgrad. Erzbischof Hans-Josef Becker berief ihn 2003 zu seinem Persönlichen Referenten und Geheimsekretär. Im gleichen Jahr wurde Dr. Michael Menke-Peitzmeyer zum Domvikar ernannt. Seit 2004 unterstützt er als Subsidiar den Pastoralverbund Paderborn-Süd-Ost-Dahl.
Papst Benedikt XVI. verlieh ihm 2005 den Titel eines Päpstlichen Ehrenkaplans (Monsignore). 2011 wurde Monsinore Dr. Menke-Peitzmeyer von Erzbischof Becker zum Bischöflichen Beauftragten für die Priesterfortbildung im Erzbistum Paderborn ernannt. Seit 1. August 2013 ist Monsignore Dr. Michael Menke-Peitzmeyer Regens des Erzbischöflichen Priesterseminars Paderborn. Gleichzeitig übernahm er die Leitung des Erzbischöflichen Theologenkonviktes Collegium Leoninum. Im Oktober 2013 erfolgte seine Ernennung zum Wirklichen Geistlichen Rat. Im Jahr 2014 wurde er als Domkapitular ins Metropolitankapitel berufen und übernahm außerdem die Aufgabe als Bischöflicher Beauftragter für die Vikarsfortbildung.